Ендоскопи су класификовани према њиховој функцији

1. Ендоскопија дигестивног тракта: езофагоскоп круте цеви; фибероптички езофагоскоп; електронски езофагоскоп; ултразвучни електронски езофагоскоп, фибероптички гастроскоп, електронски гастроскоп, ултразвучни електронски гастроскоп, фибероптички дуоденоскоп, електронска колоноскопија дуоденума, фибероптичка ентероскопија, електронска ентероскопија, фибероптичка колоноскопија, електронска колоноскопија, фибероптичка сигмоскопија и протоскопија.

2. Ендоскопија за респираторни систем: ларингоскоп са крутом цеви, фибероптички ларингоскоп, електронски ларингоскоп, фибероптички бронхоскоп, електронски бронхоскоп, торакоскоп и медијастиноскоп.

3. Ендоскоп за перитонеалну шупљину: постоје лапароскоп типа круте цеви, типа оптичких влакана и типа електронске хирургије.

4. Ендоскопија жучних путева: холедохоскопија круте цеви, фибероптичка холедохоскопија, електронска холедохоскопија и холедохоскопија дете-мајке.

5. Ендоскопија за уринарни систем: (1) Цистоскопија: Може се поделити на цистоскопију за инспекцију, цистоскопију за интубацију уретера, цистоскопију за хирургију, цистоскопију за наставу, цистоскопију за фотографисање и цистоскопију за децу и женску цистоскопију. (2) Уретероскопију. (3) Нефроскопија.

6. Ендоскопија за гинекологију: колпоскопија и хистероскопија.

7. Ендоскопија крвних судова: Ендоваскуларна ендоскопија.

8. Ендоскопија зглобова: артроскопија.